V takomto prevedení sa vyrábali A3-ky až do roku 2003. Vtedy, na autosalóne v Ženeve, uzrela svetlo sveta jej druhá generácia, ktorej tvary sú omnoho agresívnejšie a tým páčivejšie pre mladú generáciu. Dizajn tejto generácie vznikol na papieri pod rukou skvelého dizajnéra Waltera de'Silvu. Okrem zmeny dizajnu prišla zmena aj pod prednú kapotu. Tam našli svoje miesto dve nové výkonné motory. Dvojlitrový preplňovaný motor TFSi s výkonom 147 kW ( 200k ) a 3,2 litrový šesťvalec s výkonom 184 kW ( 250k ).
Pohon Quattro so semi-automatickou prevodovkou bolo možné doobjednať si ku každému motoru nad 140 koní a šesťvalec bez pohonu všetkých štyroch kolies z továrne ani nepustili.
Karosárska varianta Sportback bola predstavená v Júni roku 2004. Tá už dostala masku rovnakú ako najväčšia a najsilnejšia Audina, A8 W12. Ďalší väčší medník pre model A3 bol rok 2006. V apríli dostala nový dvojlitrový dízel s výkonom 125 kW ( 170k ) a v auguste prišiel rad aj na modifikovanie 2,0 TFSI pod kapotu S3-ky. Výkon tohto motora sa zvýšil až na 195 kW ( 265k ) vďaka väčšiemu plniacemu tlaku turbodúchadla 1,2 bar a samozrejmosť bola šesťstupňová prevodovka a pohon všetkých štyroch kolies. Vďaka tomuto výkonu a pohonu Quattro je druhá generácia S3-ky schopná vypáliť z miesta na stokilometrovú rýchlosť za 5,7 sekundy a oproti bežnej civilnej verzii A3 je znížená o 25 mm. 
V tomto roku nastala taktiež jedna zmena pre tento model. Atmosférický dvojlitrový motor FSI bol nahradený preplňovaným motorom objemu 1,8 litra. Tento motor dosahuje výkon 118 kW ( 160k ) a montuje sa iba s predným náhonom. A okrem toho sa môže A3 so svojim motorom 2,0 TFSI pýšiť ocenením "Motor roka 2007". 
max
(plajn, 22. 10. 2007 9:41)